Auf einem der höchsten Felsen baute in der Mitte des 14. Jhs. der Eremit Varlaam, ein Zeitgenosse des Athanasios Meteorites, in der Nähe seiner Höhlenklause eine kleine Kirche, die er offenbar den Hierarchen, also den drei großen Bischöfen des 4. Jhs. n. Chr., Basileios d. Gr., Johannes Chrysostomos und Gregor dem Theologen, weihte, außerdem „ein paar Zellen und eine kleine Zisterne für Wasser“. Wir kennen die genaue Vita dieses Eremiten nicht, wissen nicht, woher er kam und wann genau er sich auf diesem markanten Felsen niedergelassen hat. Lediglich eine kleine Episode, in der Varlaam eine Rolle spielt, ist von dem Biographen des Athanasios überliefert. Dieser berichtet, der Eremit Varlaam habe Räuber bei ihrem Übergriff auf die Zelle des Athanasios „mit seiner Schleuder“ in die Flucht geschlagen. Eine nette Episode zwar, aber auch nicht mehr!
Der Name Varlaam wurde allerdings überliefert und blieb auf diese Weise mit dem Felsen verbunden, ansonsten gibt es für gut zweihundert Jahre keine Überlieferungen über den verödeten Ort, bis im 16. Jh. die Meteoren insgesamt eine neue Blüte erlebten und der Varlaam-Felsen erneut in den Blickwinkel geriet. Diesmal waren es zwei Brüder aus Ioannina im Epiros, die Mönche Theophanes und Nektarios, die hierher kamen und ein Kloster auf diesem hohen Felsen gründeten. Die beiden Mönche entstammten der Familie Apsaras, die in Ioannina seit dem 12. Jh. bekannt und geachtet war und offenbar auch hohe Ämter bekleidete. Sie wurden in der 2. Hälfte des 15. Jhs. in Ioannina geboren, wurden Mönche und schließlich Gründer des Klosters Varlaam. In einer kleinen Episode am Rande wird erzählt, wie einer der beiden Brüder, Theophanes, schon ans Bett gefesselt und vom Tod gezeichnet nicht mehr daran geglaubt hatte, die Vollendung der Kirche erleben zu dürfen. Als man ihm von der Fertigstellung berichtete, soll er sich erhoben und auf seinen Stab gestützt das Innere der Kirche betreten und alle – Bauleute, Steinmetze, Schnitzer und Maler - gesegnet haben. Danach soll er in seine Zelle zurückgekehrt und „voller Dankbarkeit“ entschlafen sein.
Einer Inschrift zufolge erbauten sie 1542 ein Katholikon zu Ehren Aller Heiligen, eine Kreuzkuppelkirche im Athosstil mit tiefem Narthex und mit einer auf vier Säulen getragenen Kuppel im Hauptraum sowie einer weiteren Kuppel über dem Narthex. Ungewöhnlich ist auch der freistehende Glockenturm. Außen wieder in der schlichten, aber sehr dekorativen Architektursprache gestaltet, ist das Katholikon innen üppig mit kostbaren Gegenständen ausgestattet, zu der die holzgeschnitzte und vergoldete Ikonostasis mit reichen Schnitzereien und der sehr kunstvoll gestaltete Bischofsthron sowie der Thron des Abtes und vieles andere gehören. Das Katholikon ist überdies reich mit Wandmalereien versehen, die im Großen und Ganzen dem Bildkanon der byzantinischen Kirche folgen. Das bedeutet, dass in der Hauptkuppel Christus Pantokrator dargestellt ist, in den Zwickeln hingegen dem Kanon folgend die Evangelisten und schließlich in der Apsis des Altarraumes die Gottesmutter. Allerdings gibt es einige Besonderheiten, auf die hingewiesen werden muss. Betrachtet man zunächst den Pantokrator in der Kuppel der Kreuzkuppelkirche, so fällt auf, dass dieser seinen Blick ändert, indem er von der einen Seite der Kirche „mit dem ernsten Blick des Richters“ den Betrachter anschaut, von der Gegenseite jedoch mit dem „heiteren und sanften Gesicht des erbarmungsvollen Sohnes Gottes“, wie die Nonne Theotekni in ihrem Buch formuliert. Eine große künstlerische Malleistung auf hohem Niveau, die hier in der Hauptkuppel zu beobachten ist. Und auch bei den Evangelisten in den Zwickeln können wir eine Variante in der Malweise feststellen, indem der Meister den Evangelisten Lukas hier „als Maler der Muttergottes“ wiedergibt und damit ein ähnliches Bildwerk schuf, wie es im Kloster Agia Triada zu finden ist. Chor- und Hauptraum des Katholikon wurden von Frankos Katelanos, einem Maler des 16. Jhs., ausgemalt, eine Annahme, die nicht durch eine Künstlerinschrift bestätigt werden kann, aber in der kunsthistorischen Forschung eigentlich allgemeiner Konsens ist - übrigens in erster Linie wegen der Ähnlichkeiten mit den Malereien im Katholikon des hl. Nikolaos der Lawra auf dem Berg Athos, in dem der Meister 1560 tätig war. Die Malereien im Narthex hingegen datieren etwas später, nämlich 1566, und stammen von den beiden Brüdern Georgios und Frankos Diskotaris aus Theben, die auf Kosten des Antonios Apsaras, einem Verwandten des Stifters, tätig waren. Die Untersuchungen von Professor Andreas Xyngopoulos von der Universität Thessaloniki haben eindeutig den Beweis erbracht, dass hier im Narthex zwei Maler, der Priester Georgios und sein Bruder Frankos, tätig waren und nicht, wie bisweilen behauptet, ein Meister.
Das Varlaam-Kloster, zu dem eine Treppe mit 195 Stufen führt, war immer ein reiches Kloster mit vielen Mönchen, die den Widerstand der einheimischen Griechen gegen die Osmanenherrschaft wirtschaftlich unterstützten und auch bemüht waren, das historische Bewusstsein der Griechen, aber auch ihre Sprache und Kultur weiterhin am Leben zu erhalten. Unter den Bauten, die das Katholikon einrahmen, gehört einerseits das Klosterspital, „eines der seltenen Modelle, die uns erhalten geblieben sind, und die von der breiten Aufgabenstellung des orthodoxen Mönchstums zeugen, von ihrer Krankenpflege und Fürsorge für die Gejagten der Gegend während der Türkenherrschaft“, wie der Byzantinist Nikolaos Zias formulierte. Des weiteren sind die Küche und das Refektorium zu erwähnen; letzteres wurde wieder in eine Art Schatzkammer des Klosters umgewandelt und enthält wertvolle Ikonen, Manuskripte, Holzschnitzarbeiten und sakrale Stickereien, z. T. kostbare und wertvolle Stoffe, Epitaphioi. Abschließend sei noch darauf hingewiesen, dass sich am südwestlichen Rand des Felsens eine kleine Kapelle mit herrlichen Malereien aus dem 17. Jh. befindet. Darunter eine eindrucksvolle Darstellung der Entschlafung des hl. Chrysostomos, die stark an das Wandgemälde des Marientodes im Katholikon erinnert.
